O secretário de Estado de Justiça e Segurança Pública de Minas Gerais atua diretamente nas competências das questões relacionadas ao sistema prisional e às políticas penitenciárias. Já os comandantes, diretores e chefes das demais instituições possuem estruturas próprias de comando e autonomia administrativa, não estando subordinados hierarquicamente ao secretário em suas decisões institucionais.
